Da die Kompass-Schule eine zeitlich begrenzte intensivpädagogische Maßnahme ist, stellt die enge Zusammenarbeit mit den Stammschulen eine wichtige Gelingensbedingung dar. Nicht nur bei der Planung der Rückführung kooperieren die beiden Schulen eng miteinander, sondern auch während des Aufenthaltes in der Kompass-Schule sind beide Systeme in der gemeinsamen Verantwortung.
Dies wird an vielen Stellen deutlich: Die Stammschulen stellen das Lernmaterial bereit und sichern so den schulischen Anschluss an die Lerngruppe in der Stammschule. Die Kompass-Schule wiederum lädt die Stammschule und die Eltern regelmäßig zu Perspektivkonferenzen ein, um über den Entwicklungsstand und die Fördermaßnahmen zu berichten und die nächsten Entwicklungsschritte gemeinsam zu erarbeiten. Auch die Rückführung selbst wird in einer Perspektivkonferenz geplant. Diese verläuft meist schrittweise und bedeutet enge Absprachen zwischen den Systemen, um einen individuellen Stundenplan aufzustellen. Und genauso werden die Zeugnisse gemeinsam erstellt. So erhalten die Schülerinnen und Schüler Zeugnisse der Stammschule, die um eine Zeugnisanlage der Kompass-Schule ergänzt werden.
